Haydi Mars’a Gidelim!

** Biyoinformatik Nedir, Nereye Gider? **

Gökten yeni bir terim düşüyor, kulaktan kulağa yayılıyor. Bilen var mı, nereden öğrenilir?

Ben bu yazıda kendi hayatımdan örnekler vermek istiyorum. Çünkü o “biyoinformatik” kelimesinin peşinden koşan öğrenci bendim.

Kapı kapı bir kelimenin peşinde

İsveç’e doktora mülakatına gelirken kapı kapı gezip “biyoinformatik nedir, bilen var mı?” diye sordum. Aldığım cevaplar biraz matematik ağırlıklı, biraz bilgisayar programlama oldu. Ama bunların hiçbirini biyoloji ile bağdaştıramıyordum.

Müfredatında “biyoinformatik” kelimesi geçen bir bölümden mezun olana kadar hep aynı soruyu sordum: İyi de biyoinformatik şimdi ne?

Beyaz tavşanı bırakıp mavi kelebeğin peşine

Sonra sistem biyolojisi ile tanıştım. Lotka–Volterra denklemiyle popülasyon dinamikleri nasıl formülize edilir, dinamik sistemler kaosu kontrol etmekte bize nasıl yardımcı olur… Kaos kontrol, kelebek etkisi derken beyaz tavşanı kovalamayı bırakıp mavi kelebeğin peşine düştüm. Artık matematik ile biyoloji nasıl bağdaşır çok iyi anlamıştım, fakat biyoinformatik hala muammaydı.

Gündeme bomba gibi düşen şey

Sonra gündemime birden bomba gibi makine öğrenmesi düştü. “20 sene içinde bütün işler silinip süpürülecek” demişlerdi. Aklıma distopya filmlerindeki gibi makinaların yönettiği şehirler, konuşur gibi kodlayan robotlar gelmişti. Şimdi bu hayalin ilk 10 senesindeki makine evrimini gözlemledim. İkinci 10 senesini de aşağı yukarı öngörebiliyorum. O gelecek olan çoktan geldi bile. Fakat onu adı artık Mars.

Yapay sinir ağları, makine öğrenmesi, veri bilimi, kaos kontrolü derken kendimi bir genom projesinin içinde buldum. Elime iki tane dosya verdiler, “bunları çarpıp çırpıp böl, bize bir genom yap” dediler.

“Beni ta Türkiye’den çağırmaya ne gerek vardı?”

İçimden diyordum ki: Genomu hücrenin bağrından söküp çıkarmayı, satır satır okumayı biliyorsunuz da, kütüphanesini yapmak için ta Türkiye’den Zeynep’i çağırıp bu masaya oturtmanıza ne gerek var, anlamış değilim.

İki sene sonra genom kütüphanesi ancak bitmişti! “Bu kadar uzun sürecek ne olabilirdi?” diye hala düşünüyorum, ama şimdi buna verecek bir doktora tezi dolusu cevabım var.

Genomlar hazır, peki sonra?

Veri biliminin ucsuz bucaksız ormanlarından avlayıp getirdik bu ceylanları, şimdi delik deşik edip misk amber parfümü yapacağız. Nerede paha biçilmez parçacıklar? Nerede bu sihirli genler?

10 yıl önce nasıl genom dizileme teknolojileri yarışıyordu, uzun ama özensiz okumalar, kısacık ama pür dikkat okumalar... Şimdi de hücrenin içinde uzay zamanın kesiştiği farklı boyutların okumalarını yapmaya başladık. DNA’yı, RNA’yı herkes duydu artık. Peki spatial transcriptomics, affinity proteomics, glycomics, bunları duyan var mı?

Veri madenciliğinden molekül kolajına

Makinalar sadece okumakla kalmıyor, bir de bize satır aralarında gizlenmiş örüntüleri yakalamak için çoklu omik okumaları anlamlandırmakta yardımcı oluyor. Şimdi biyoinformatikçinin işi, veri madenciliğinde kazma kürek dataya girişmek değil; ameliyat masasında gözünün göremediği kadar ince dilimler keserek molekül kolajı yapmak. Artık çağdaş sanat sergisi açar gibi biyoinformatik omik layer veri analizi portföyü hazırlıyoruz.

Gelecekteki sihirli sözcük

Gelecekteki sihirli sözcük ne genom ne de biyoinformatik. Artık gelecek karmaşıklık, complexity science olacak. Uzay zamanda topladığımız ontolojik bilgiyi epistemolojik katmanlara önce ayrıştırıp sonra baklava dilimi gibi üst üste yığdığımız bir karmaşıklık analizi yapıyor olacağız.

Lineer ile non-lineerin harmonisi, biyolojinin kasap dükkanında “göğüs, but, kelle” diye ayrılmadığı; organizmanın, mavi kelebeğin peşinde koşan Alice’in harikalar diyarında, kendisini aradığı, yaşamın bir müzik eşliğinde; öğrenmek, inşa etmek ve sonunda yaratmak olduğu bir yeryüzüne doğru gidiyoruz. Burası MARS!

Hayallerin ve gerçeklerin arasında Sen varsın.